Stone Brewing grundades år 1996 av Greg Koch och Steve Wagner. Det växte från ett litet mikrobryggeri med endast två grundare till ett av de största hantverksbryggerierna i USA. Målet från början var att brygga enastående och unika öl.
Stone Brewing startade i San Diego och är idag det nionde största craft-bryggeriet i USA. Idag har de även verksamheter i Richmond, Virginia och Berlin, Tyskland.